Na początku II wojny światowej fort przejęli Niemcy i wywieźli z niego całą zgromadzoną amunicję. Od 11 listopada 1939 roku do 15 października 1941 roku
w forcie (a dokładniej w fortecznych fosach) miały miejsce egzekucje polskich patriotów – więźniów z Montelupich i więzienia w klasztorze św. Michała w Krakowie (przy ulicy Senackiej). Pod koniec 1945 roku (od 15 października do 6 grudnia) nastąpiła ekshumacja 440 zwłok z 29 grobów i przeniesienie ciał do zbiorowej mogiły na zapolu fortu. Zobacz więcej, kliknij w zdjęcie: